تم افتتاح مستشفى قنا الجامعي أكتوبر 2008 لتبدأ في تقديم خدماتها لأبناء إقليم جنوب الوادي بافتتاح عيادات خارجية في تخصصات الرمد والباطنة والجلدية، وفي شهر يناير 2009 تم افتتاح العيادات الخارجية بالمستشفى الجامعي بمنطقة المعبر بقنا مارس 2009.
وفي نوفمبر 2010 قام الأستاذ الدكتور عباس منصور رئيس جامعة جنوب الوادي بافتتاح مستشفى الحرم الجامعي بحضور اللواء مجدي أيوب محافظ قنا آنذاك. ثم بدء العمل بمبنى العيادات الخارجية في يوليو 2016 في إطار خطة متكاملة لتطوير العمل بالمستشفيات الجامعية.
استقبلت العيادات الخارجية عام 2009 عدد 17375 حالة ودخول 818 عمليات في أقسام المستشفى الجامعي وعام 2010 استقبلت العيادات الخارجية 50182 و5552 عملية ما يعد طفرة في تقديم الخدمات الطبية لأبناء جنوب الصعيد بمحافظات قنا وأسوان والبحر الأحمر والذين كلفتهم الرحلات العلاجية الكثير والكثير من الوقت والمال، واستمرت أقسام المستشفى والعيادات الخارجية في زيادة مطردة سنوياً حتى وصلت عام 2016 الى 83 ألف حالة بالعيادات الخارجية و11 ألف عملية جراحية ومناظير
وتضم مستشفيات قنا الجامعية 400 سرير و25 قسم وهي أقسام الأطفال والرمد والالام المزمنة والأنف والأذن والحنجرة وطب وجراحة الأسنان والجلدية وأمراض الذكورة والمسالك البولية والنساء والتوليد والأمراض التناسلية والطب النفسي وأمراض الدم وجراحة الوجه الفكين والباطنة وطب المناطق الحارة والجهاز الهضمي والصدرية والعصبية والنفسية والعظام والأوعية الدموية وجراحة التجميل والجراحة العامة والقلب والصدر والمخ والأعصاب والأوام والروماتيزم والتأهيل وطب الأسرة والعناية المركزة وجراحة الأطفال.
وفيما يلي أهم الوحدات التي تم افتتاحها بالمستشفى الجامعي
وما يزال العمل جاري بمستشفيات جامعة جنوب الوادي على قدم وساق لافتتاح والبدء الفوري في تشغيل مستشفى الطوارئ والتي تخدم قطاع كبير من إقليم جنوب الصعيد والبحر الأحمر كما جاري العمل لإنشاء مستشفى متكاملة متخصصة في أمراض النساء ومستشفى متخصصة للأطفال.
مستشفيات قنا الجامعية والتعاون الدولي:
منذ بدء العمل بها استقبلت مستشفيات قنا الجامعية تحت رعاية الأستاذ الدكتور عباس منصور رئيس الجامعة العديد من الوفود والخبراء الأجانب في شتى التخصصات لتبادل الخبرات والارتقاء بالمستوى العام للأطباء والتمريض.
عام 2008 استقبلت مستشفيات قنا الجامعية وفد طبي من كلية الطب بجامعة لوفان البلجيكية والتي تعد أقدم كليات الطب في أوروبا حيث ضم تخصصات جراحة القلب والنساء والتوليد وأمراض الباطنة. كما استقبلت المستشفيات الجامعية منذ 2008 وفود طبية هولندية من شتى المستشفيات الهولندية وفي جميع التخصصات وهم حريصون على زيارة مستشفيات قنا الجامعية سنوياً حتى الآن لما لمسوه من جدية في التعامل وحرص إدارة المستشفيات والعاملين بها على تبادل الخبرات وتحقيق أقصى منفعة ممكنة لأبناء الإقليم حيث قاموا بإجراء العديد من العمليات الجراحية مثل جراحات القلب المفتوح وغيرها من التخصصات التي تحتاج الى كفاءات خاصة. كما استقبلت المستشفيات منذ انشاءها العديد من الخبراء الأجانب في مجال جراحة العظام وجراحات القلب وأمراض القلب ومن مختلف الجنسيات مثل الألمانية والسويسرية وغيرها.
القوافل الطبية:
تحت رعاية الأستاذ الدكتور عباس منصور رئيس الجامعة تتعاون مستشفيات قنا الجامعية مع مختلف الجهات الحكومية لإرسال القوافل الطبية العلاجية الى مختلف المناطق النائية من القرى والنجوع بمحافظات قنا والأقصر والبحر الأحمر وأسوان وذلك على مدار العام بمشاركة نخبة من أطباء المستشفى والتي يتم خلالها توزيع الأدوية مجاناً على المرضى. كما تشارك مستشفيات جامعة جنوب الوادي في جهود الدولة بالتدخل السريع لإنقاذ المناطق المنكوبة التي تتعرض للأحداث الطبيعية المدمرة مثل السيول وغيرها ومنها المشاركة في انقاذ أهالي مدينة راس غارب بعد تعرضها لسيل مدمر عام 2016.