منذ عام (2012م)، قامت جامعة جنوب الوادي بإرساء نظام لعقد مؤتمرات سنوية تستهدف شباب الباحثين من داخل وخارج الجامعة، من أجل تدريبهم على عرض بحوثهم ومناقشتها في مؤتمرات داخلية لثقل مهاراتهم وخبراتهم لكي يكونوا مؤهلين للمشاركة في مؤتمرات وطنية ودولية مستقبلاً.
وتم تقسم كليات الجامعة إلى القطاعات التالية:
| القطاع | الكليات |
| العلوم التربوية | التربية، التربية بالغردقة، التربية الرياضية، التربية النوعية (الاقتصاد المنزلي، تكنولوجيا التعليم، علوم تربوية ونفسية) |
| العلوم الإنسانية | الآداب، الإعلام، التجارة، الحقوق |
| العلوم والهندسة | العلوم، الهندسة |
| العلوم الزراعية والبيطرية | الزراعة، الطب البيطري |
| الآثار والتربية النوعية | الآثار، التربية النوعية (التربية الفنية، التربية الموسيقية) |
| العلوم الطبية | الطب، طب الفم والأسنان، الصيدلة، التمريض، العلاج الطبيعي |
وتقوم إحدى الكليات بكل قطاع بتولي عملية التنظيم حسب الاتفاق مع بقية الكليات، وتعقد هذه المؤتمؤات غالباً خلال شهري مارس وابريل من كل عام، ويخصص لها ميزانية تتناسب مع عدد الباحثين بكل كلية.