صــدر قـــرار الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة رقم 216 لسنة 1995 بشأن إعتماد مشروع ترتيب وظائف جامعة جنوب الوادى بقنا, ثم صــدر قـــرار رئيس الجامعــة رقم 97 بتاريخ 17/3/1996 بالبناء التنظيمى لجامعة جنوب الوادى بقنا, ثم صــدر قـــرار رئيس الجامعة رقم 98 بتاريخ 1996 باختصاصات التقسيمات بالبناء التنظيمى لجامعة جنوب الوادى.