تأسست كلية الزراعة بجامعة جنوب الوادي عام 1998 بالقرار الجمهوري رقم 1665 لسنة 1996 كفرع من كلية الزراعة بسوهاج ثم استقلت بالقرار الوزاري رقم 129 عام 2006 م وتم تطبيق اللائحة الداخلية لكلية الزراعة جامعة سوهاج بالقرار الوزاري رقم (2578) بتاريخ 2 /10/2006 وتمنح الكلية درجة البكالوريوس في العلوم الزراعية.
تقع كلية الزراعة داخل المقر الرئيسي للجامعة بقنــا وتتكون الكلية خمس طوابق + بدروم تنقسم الي أقسام وإدارات الكلية المختلفة – قاعات الدروس ومعامل التدريبات العملية والبحثية – إدارة الكلية – الأقسام العلمية.