تأتي جائزة جامعة جنوب الوادي لأفضل قسم أكاديمي انطلاقًا من اعتراف الجامعة بأهمية الأقسام الأكاديمية كونها القلب النابض للجامعة والمحرك لجميع العمليات والأنشطة فيها، لذا تبرز أهمية تحفيز تلك الأقسام بجميع كوادرها على الإنجاز والتميز في العمل بما يحقق أهداف الجامعة وفقًا لمعايير الجودة والتميز الإداري والأكاديمي.