قبدأت المدن الجامعية عند إنشاء فرع الجامعة بقنا وكانت حين ذاك تتبع جامعة أسيوط ، وذلك عام 71/1972م ، وكانت بداية المدن الجامعية في عدد (4) شقق في عمارة خلف مدرسة الثانوية بنات وكانت تسع لحوالي (40) طالب فقط ، وقد أخذت المدن في التوسع في المباني والمنشآت لكي تستوعب الأعداد المتزايدة من الطلبة والطالبات
وبناءا على توجيهات السادة المسئولين بالجامعة استطاعت المدن الجامعية إلى حد كبير استيعاب أكبر عدد من الطلبة والطالبات المغتربين ، وذلك تيسيرا على أولياء الأمور وتخفيفا للعبء المادي على الأسر وأربابها . ولم تصبح المدن الجامعية أماكن إعاشة من سكن وتغذية للطلبة والطالبات بل تعدى دورها ومفهومها إلى مفهوم أشمل فشملت مختلف نواحي الرعاية الاجتماعية والثقافية والفنية والرياضية والطبية ، إضافة إلى إنماء الترابط الإنساني والأسري بين الإشراف والطلاب حيث يستبدلا الطالب أو الطالبة أسرته الطبيعية بأسرة تقوم بدورها حتى يستمر التباين الاجتماعي للطالب أو الطالبة على أكمل وجه من توجيه وإرشاد ووفق لائحة تبين للطالب ما له من حقوق وما عليه من واجبات في مجتمع ينصهر فيه الجميع في بوتقة واحدة سواء كان مشرف أو طالب أو مسئول حتى يشعر الطالب بالأمن والآمان ، ويظهر الجميع ما لديهم من طاقات خلاقة سواء من الناحية التعليمية أو الثقافية أو الرياضية تفخر بهم أمتهم والمدن الجامعية عند تخرجهم . ويتولى الإشراف على المدن الجامعية مجلس إدارة برئاسة السيد الأستاذ الدكتور/ نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب وذلك لوضع السياسة العامة للمدن الجامعية واقتراح أية تعديلات (التي تواكب المستجدات من مجريات الأمور ودواعي التطور) على مواد لائحة المدن الجامعية وكذلك النظم المالية والإدارية ونظام الإقامة ، ويعتمد مجلس الجامعة هذه اللائحة وما يجري عليها من تعديلات .