في ضوء الرؤية والرسالة التي وضعتها جامعة قنا لنفسها فإنها تسعى إلى استثمار ما هو متاح أمامها من الفرص لتعزيز نقاط القوة التي تمتلكها، والحد من تأثير نقاط الضعف والتهديدات التي تواجهها، وذلك من خلال مجموعة من الغايات لخدمة العملية التعليمية وتنمية البحث العلمي وتطويره بما يعود بالنفع وتنمية البيئة وخدمة المجتمع، وهي:
1- الهوية البصرية: تكوين هوية بصرية جاذبة ومتكاملة لجامعة قنا، ورفع دورها في تعزيز روح الولاء والانتماء للهوية المصرية وتنوعها الثقافي.
2- نظام العمل: تطوير الإدارة الجامعية ونظام العمل والجهاز الإداري، والتحول الرقمي، وتعزيز الشفافية بجامعة قنا.
3- الريادة والإبداع: رفع كفاءة البنية التحتية للتعليم والعمل والريادة والإبداع والابتكار بجامعة قنا.
4- الطلاب والخريجين: بناء شخصية الطلاب وتأهيلهم لسوق العمل، وربط الخريجين بجامعة قنا.
5- الابتكار والنشر الدولي: تعزيز البحث العلمي نحو الابتكار المستدام والنشر الدولي بجامعة قنا.
6- الدراسات العليا: تطوير وإعادة هيكلة برامج وتخصصات الدراسات العليا بجامعة قنا، وربطها بخدمة المجتمع.
7- التدريب والتحفيز: رفع كفاءة القيادات الأكاديمية وهيئة التدريس بجامعة قنا في التدريس وتقويم مخرجات التعلم من خلال التدريب والتحفيز والمحاسبة.
8- التغيرات المُناخية: تعزيز الالتزام البيئي لجامعة قنا في التغيرات المُناخية، والتحول إلى جامعة صديقة للبيئة.
9- المسؤولية المجتمعية: تعزيز المسؤولية المجتمعية لجامعة قنا في التنمية المستدامة.
10- الخدمات الصحية: التوسع في المستشفيات الجامعية وتعزيز دورها في تقديم خدمات صحية متميزة.
11- الموارد الذاتية: تفعيل سياسة ملكية الدولة وتحفيز أعضاء هيئة التدريس والعاملين في تعظيم الموارد الذاتية والحد من الهدر وحماية الأمن والنظام الداخلي لجامعة قنا.
12- السمعة المؤسسية: تعزيز السمعة المؤسسية لجامعة قنا، وفي التصنيفات الدولية، وإدارة الجودة والتأهيل للاعتماد ومكافحة الفساد