انطلاقا من التحديات التي تواجهها المؤسسات التعليمية وإيمانا بأهمية الدور الذي تلعبه الجامعات في المساهمة في بناء المجتمع وتنميته وتقدمه، قامت وزارة التعليم العالي بتبني استراتيجية لتحسين التعليم العالي وتطويره وترجمت تلك الاستراتيجية إلى عدد من المشروعات ومنها: مشروع تطوير التعليم العالي ومشروع تنمية قدرات أعضاء هيئة التدريس ومشروع تطوير كليات التربية ومشروع تطوير المعاهد الفنية ومشروع توكيد الجودة والاعتماد.
وقد تمت الموافقة على المشروعين المقدمين من جامعة جنوب الوادي في الدورة الأولى (سبتمبر 2004) وهما مشروع تطوير خطة استراتيجية لتوكيد الجودة ومشروع إنشاء مركز لتوكيد الجودة بالجامعة، كما حصلت بعض الكليات على مشروع إنشاء نظام داخلي لتوكيد الجودة بها وهى: كلية العلوم بقنا و كلية العلوم بسوهاج وكلية الزراعة بقنا (الدورة الأولى) و كلية العلوم بأسوان وكلية الطب بسوهاج (الدورة الثانية) وكلية الهندسة بأسوان وكلية الزراعة بسوهاج وكلية الآداب بقنا (الدورة الثالثة).
ويقوم المركز بدوره الآن في حث ومساعدة باقي كليات الجامعة لتطبيق نظام توكيد الجودة بها والتأهيل للاعتماد وذلك من خلال زيارة بعض أعضاء المركز لهذه الكليات وإقامة الندوات وورش العمل وغيره.
وجامعة جنوب الوادي تقوم برسالتها في إقليم جنوب الصعيد والبحر الأحمر، وهى مناطق متعطشة للتغيير والتنمية، ونظرا لما يواجه هذا الإقليم من تحولات ومخاطر فلابد للجامعة أن تنهض للمساعدة بكل الطرق المباشرة وغير المباشرة لعبورها بسلام