أهداف المستشفى:
- تقديم الدعم الفنى للكلية فى أداء رسالتها فى المجالات المختلفة من حيث تعليم طلاب مرحلتى البكالوريوس والدراسات العليا
- المساعدة فى النهوض بالبيئة المحيطة من خلال عقد الندوات العلمية لكافة المربين و كذلك من خلال إجراء البحوث العلمية الميدانية الهادفة إلى الوقوف على مشاكل صغار المربين
- محاولة توصيل الأبحاث العلمية الحديثة الى ارض الواقع و ذلك من خلال تقديم المشورة الفنية للمجتمع المحيط
- القيام بنشر التوعية البيطرية فى اقليم جنوب الصعيد
- إظهار دور الكلية فى خدمة المجتمع وتنميته من خلال العمل بالمستشفى والقوافل العلاجية بقرى جنوب الصعيد
- رفع الكفاءة التناسلية لحيوانات المزرعة و ذلك من خلال علاج الحيوانات المصابة و تقديم المشورة الفنية فى ذلك
- اعداد قواعد بيانات للأمراض المعدية و الوبائية بمحافظات جنوب الصعيد
- تزويد مديريات الطب البيطرى بالنشرات الدورية المتعلقة باحدث اساليب الوقاية و التدريب
- عمل ندوات و لقاءات دورية لصغار المربين و المهتمين بالحقل البيطرى