استقال من التدريس وانتقل إلى الجيزة ليلتحق بكلية الآداب – جامعة فؤاد الاول (جامعة القاهرة حاليًا )ليحصل على ليسانس الآداب من قسم اللغات الشرقية عام 1935م ، وفى عام 1943م حصل على دبلوم معهد اللغات الشرقيه وآدابه – فرع اللغات السامية من كلية الآداب– جامعة فؤاد الاول .
وفى 28 مايو 1948 حصل على درجة الدكتوراه فى الآداب من قسم اللغة العربية، واللغات الشرقية فى كلية الآداب جامعة فؤاد الاول، وكان أول من يحصل على درجة الدكتوراه من مصر، حيث كان المعهود فى ذلك الوقت على من يريد الحصول على درجة الدكتوراه أن يحصل عليها من
أى جامعة أجنبية معترف بها، لكن الدكتور إسماعيل معتوق رفض السفرللخارج واضطرت الجامعة أن تنتدب له مجموعة من الاساتذه الأجانب مع أساتذه مصريين لمناقشة رسالته والتى كان موضوعها قصة" بحيرا السريانية"، وقد درس على يد الدكتور طه حسين ، ولتفوقه وتميزه عين مدرسا فى كلية الآداب جامعة فؤاد الأول ليدرس اللغات الشرقية ( العبرية والسريانية).